御嶽信仰の歴史は古く、初めは修験道の場として栄え、平安・鎌倉・室町の中世時代から、民間信仰が結びつき、御嶽独自の山岳信仰が生まれたとされます。この頃になると厳しい修行を重ねた道者と称する人々が集団的に登拝する風習が行われるようになりました。
こうした集団登拝は江戸時代末まで続き、1784年（天明4年）、尾張の行者・覚明（かくめい）によって三岳村の黒沢口が開かれ、1794年（寛政6年）には武蔵國の行者・普寛（ふかん）によって王滝口が一般民衆に開放され、これを期に木曽周辺にとどまっていた御嶽信仰が全国的な信仰へと拡大されていきました。
しかし明治維新後、神道をわが国の宗教とする政祭一致の政策が打ち出され、神仏分離が進められるに至って、仏像をもって神体とする神社、仏像や仏具を社前に祭る神社が改められていきます。御嶽神社もまたこれに習って菩薩像や権現号の仏教関連のものを除きますが、もともと御嶽の信仰は、御嶽山の山そのものであり、その象徴である御嶽神社を中心に信者が固く、広く結ばれていたこともあり、宗派を問わず、独自の講社として神仏混合の形態を実質的にとるわが国の特異な山岳信仰として存在しています。
なお、御嶽神社は山頂に奧社があり、山麓に里社、王滝村上島に三社、三岳村黒沢に若宮と本社があり、毎年夏になると白衣姿で参拝する講社と呼ばれる信者たちの団体で賑わいます。

御嶽を開いた覚明と普寛の両行者は、死後の安住の地を御嶽山と定め、死後、霊魂は御嶽に帰ることを歌い残しています。また、御嶽を信仰する者は、死後その霊魂は童子としてお山に引き取ってもらえるとも説いています。こうした、死後の霊魂の憩いの場を御嶽に求めようとする独自の信仰感は次第に一般信者に浸透し、霊神碑の建立の風習が盛んになりました。王滝口、黒沢口の両登山道には2万基を超える霊神碑が林立しているのもこのためです。